Les fichiers texte contiennent normalement des caractères de contrôle invisibles qui indiquent la fin de chaque ligne. Différents système d'exploitation utilisent différentes conventions pour ces caractères de contrôle. Par exemple, les fichiers texte Windows ont normalement un retour chariot (CR, Carriage Return, code ASCII 13) et un saut de ligne (LF, Line Feed, code ASCII 10) à la fin de chaque ligne. Mais Unix utilise les sauts de lignes seuls pour les fins de ligne. Quelques applications produisent des fichiers en sortie qui utilisent uniquement un retour chariot, ou dans certains cas obscurs un saut de ligne suivi par un retour chariot.
La situation est bien plus compliquée lorsqu'un fichier issu à l'origine d'un système Unix a été changé par une station de travail Windows, et termine avec un mélange de différentes fins de ligne dans le même fichier.
Beyond Compare est conçu pour être tolérant aux différents styles de fin de ligne. Dans le Visualiseur de Fichier, vous pouvez comparer côte-à-côte un fichier qui utilise un certain style à un fichier qui utilise un style différent. Ainsi, l'option de "comparaison de contenu basée sur des règles" vous permet de comparer des fichiers texte dans le Visualiseur de Fichier, en ignorant les différences de fin de ligne.